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我的研究兴趣是生物信息学, 独特的跨学科领域, 哪个是生物技术和信息技术的结合，目的是揭示生物学的新见解和新原理. 我目前的助学金, 题目为“利用下一代玉米测序技术快速生产和高效标引转座子标记系”，由美国国家科学基金会资助, 使用下一代测序技术分析玉米基因组. 我一直在进行序列组装的生物信息学分析, 注释, 并绘制了数百万个玉米参考基因组的短序列. 我的另一个项目是基因组学教育伙伴关系(GEP). 该伙伴关系由霍华德休斯医学研究所和全国其他50个机构共同资助, 目的是为本科生提供研究机会. 我的研究成果已经发表在非常著名的科学期刊上, 比如科学, 美国国家科学院院刊, 基因组研究, BMC生物学, 进化生物学, BMC基因组学, 分子植物与微生物的相互作用.
专业化
生物信息学，进化基因组学
办公时间
春天
- 周二
- 上午11时至下午12时
- 星期五
- 上午11时至下午12时
研究项目
一个序列索引的玉米反向遗传资源:一组遍布整个基因组的单Ds-GFP插入系
这是nsf资助的, 为研究人员充分利用玉米基因组组织提供了宝贵的资源. 单个基因被绿色荧光标记的Ds转座子(Dsg)破坏的突变系为生物学家了解该基因的作用提供了有力的工具. 为此目的, 我的实验室进行了序列组装的生物信息学分析, 注释, 并绘制了数百万个玉米参考基因组的短序列. 更具体地说，我们开发了一个软件包, InsertionMapper, 从NextGen的tb测序数据中提取Dsg转座子连接，并将其映射到玉米基因组中. 我们还在十大博彩推荐排名州立大学创建了一个可网络搜索的数据库，链接如下.
helitron的计算识别与表征
2014年，我在PNAS上发表了题为《十大博彩推荐排名》的论文，这是一篇开创性的论文，将为许多研究人员带来进一步的工作. Helitron转座子由于其在转座过程中通过捕获基因片段和改组外显子来重塑基因组的积极作用而引起了广泛的关注. 不像其他DNA转座子, helitron不会以反向重复结束，也不会产生目标位点复制, 所以识别它们很有挑战性. 我们开发了一个通用的工具, HelitronScanner, 从植物和动物基因组中发现了大量新的helitron. HelitronScanner为大规模和自动化Helitron识别提供了宝贵的资源, 因此，为这个不寻常的转座子家族史无前例的比较和进化研究奠定了基础. 这些发现对于研究Helitron转位的机制尤其重要，这是一个尚未解决的难题. 这条研究路线将在未来几年继续取得丰硕成果，并将继续揭示转座因子在现存植物基因组形成中所起的许多作用.
综合监管网络
我们的新重点是基于多维基序和基因表达谱的植物综合调控网络研究. 表型和基因型之间关系的复杂性是生物学中最重要和最具挑战性的领域. 推断支配遗传信息流和最终蛋白质生产的各种调控网络是理解潜在遗传机制的关键. 我们在复杂的生物过程中应用了多维基序发现算法，并将数据源集成到一个统一的模型中. 更具体地说，我们的方法集成了信息论和基于概率的算法, 获取不同条件下基因/基因产物的表达谱, 并以预测置信水平计算它们的相互信息含量表示的相互关系. 我们新设计的调控网络推断管道是对大量植物基因组数据进行数据挖掘的宝贵工具. 我们利用这个管道分析了B73玉米种子发育的全基因组时空转录组RNA-Seq数据. 结果表明，共有91个转录因子，1,在26个基因中，167个基因只存在于种子发育中,105个研究基因. 这项工作提供了玉米籽粒发育复杂调控网络的深入动态视图. 我们将在2015年3月在芝加哥举行的第57届玉米遗传学年会上展示我们的初步结果.